（1）分子量测定：可用于蛋白，多肽，多糖，核酸，多聚物，小分子化合物等样品的分子量快速测定；样品中杂质的快速检测，并能提供杂质的分子量信息。 2）利用肽质量指纹谱（Peptide Mass Fingerprinting, PMF）进行蛋白鉴定：PMF技术是利用特异的蛋白酶（如：胰蛋白酶，Trypsin）将蛋白分子酶解为肽段，然后经质谱仪测定酶解后样品中肽段的精确质量，再与蛋白库中蛋白氨基酸序列进行比对进行蛋白鉴定的技术，利用MALDI-TOF做PMF分析具有速度快，节省样品和试剂的特点。 3）基于二级质谱的蛋白鉴定：MALDI-TOF具有LID（激光诱导解离），CID（碰撞诱导解离）和ISD（源内裂解）三种裂解方式，能进行基于一级精确质量和二级碎片离子进行蛋白鉴定和序列分析。