倒置荧光显微镜具有在培养瓶或培养皿内进行显微观察的特点, 可以观察不经染色的透明活体; 并可对各种细菌，微生物等的石蜡切片，冰冻切片，细胞甩片，体液，涂片，免疫组化染色片，各种生物组织进行显微观察和细胞、染色体结构的分析等。